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转录组测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 10:58:11

   转录组广义上指某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的RNA,包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等,狭义上指所有mRNA的集合。转录组是研究细胞表型和功能的重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统的基因芯片技术而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测;能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

迪巧的优势

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★ 拥有Roche 454 FLX +、Illumina HiSeq 2500和MiSeq等多种高通量测序平台。
★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

技术路线

转录组测序技术路线图


    Roche 454 FLX +高通量测序平台、Illumina HiSeq 2500和MiSeq高通量测序平台均可对转录组进行测序,由于这三种平台各有其优缺点,针对不同的样品情况,需灵活选用。Roche 454 FLX +高通量测序平台的优点是单序列读长可以达到300~700bp,在未知基因组序列物种的转录组分析中更有优势,其较长的读长便于拼接,能获得更好的转录本数据。Illumina HiSeq 2500高通量测序平台的优点是单次测序获得的数据量大,能够得到更高的覆盖率,检测到更多低丰度的转录本,在已知基因组序列物种的转录组分析中更具优势。

 

生物信息分析流程

   有参考基因组的转录组分析  

 

无参考基因组的转录分析

研究内容

1. 有参考基因组的转录组分析(Transcriptome analysis with reference genome)

1) 原始数据处理
2) 序列mapping至参考基因组序列
3) 基因注释
4) 可变剪接分析
5) 新转录本预测
6) SNP及SSR分析
7) 基因表达差异分析(不少于两个样品)
8) 表达模式聚类
9) GO和KEGG富集显著性分析

2. 无参考基因组的转录组分析 (De novo Transcriptome Analysis)

1)原始数据处理
2)序列拼接
3)Unigene统计分析
4)Unigene功能注释
5)GO和KEGG分析
6)SNP及SSR分析
7)基因表达差异分析(不少于两个样品)
8)表达模式聚类
9)GO和KEGG富集显著性分析

送样要求 1

1.样品类型: RNA
2.样品需求量(单次): 建议送样量≥10ug,对于总量≥1ug的样本可以采用风险建库
3.样品浓度: 最低50ng/ul
4.样品纯度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0
5.样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用干冰运输。


送样要求 2

1.样品类型: cDNA
2.样品需求量(单次): 建议送样量≥2ug,对于总量≥500ng的样本可以采用风险建库
3.样品浓度: 最低10ng/ul
4.样品纯度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0
5.样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用干冰运输。

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